從運營機制上看，京滬高鐵公司採取了委托運輸管理的運營機制（即“委托－付費”），由沿線的北京鐵路局、濟南鐵路局和上海鐵路局這三個路局分段負責京滬高鐵的運輸與管理工作。趙堅表示：“這次公布的數據過於‘簡單’，具體給地方路局的委托管理費也是會影響到其是否真實盈利的。”
總結來看，高鐵的成本主要包括折舊費用、貸款本息、向鐵路局支付委托運營費用，另外還有水電費、沿線安保費、向中鐵總租用高速動車組的租車費，未來還會有線路大修的費用。京滬高鐵的建設投資成本巨大，作為一個市場化運營、自負盈虧的公司，如何實行盈利成為它的重要目標。
去年首次扭虧
盈利便是要做到收入大於支出。對於京滬高鐵來說，在銀行貸款與鐵路維修等支出減少的同時，如何擴大收入成了它的重要議題。
從收入上來講，京滬高鐵公司的收入主要由兩大部分組成：一部分為本線車的客票收入；另一部分為跨線車給京滬高鐵公司繳納的路線使用費。京滬高鐵的內部人士在接受媒體採訪時曾透露，京滬高鐵全線的總收入中本線列車占53%左右，跨線占47%左右。
隨著京滬線的開通，北京到上海最快只需4小時48分。從線路上來看，京滬高鐵被業內認為是含金量最高的線路，其貫穿北京、天津、上海三大直轄市、連接環渤海和長三角兩大經濟區。
有數據顯示，京滬高鐵開通僅半年，累計運送旅客人數就達到了2445萬人次， 半年的客票總收入近70億元。到了2012年全年的客票收入已經達到了222億元。因此曾有業內人士指出，假如京滬高鐵都無法盈利，那國內的高鐵就基本很難賺到錢了。
根據其官方數據，2012年、2013年，京滬高鐵虧損額分別為37.16億元、12.94億元。京滬高鐵公司總經理徐海鋒曾推算，京滬高鐵每年收入在210億－220億元時，京滬高鐵才基本可以實現收支平衡。而中國工程院院士王夢恕曾透露，京滬高鐵每年運營成本就高達300億元。
2013年坊間還曾傳聞，京滬高鐵的第二、第三大股東：平安資產管理責任有限公司、全國社保基金理事會，因為京滬高鐵虧損時間過長而提出退股要求。亦有專家曾稱京滬高鐵要收回成本，至少需要十年。
2013年6月，京滬高鐵公司原董事長蔡慶華因年齡原因卸任。時任鐵道部政治部副主任的吳強接任，成為京滬高鐵的一把手。
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