2008年5月國民黨重獲執政，為了慶祝新政府的上任，台灣大學特別舉辦“台大對新政府的期許”研討會，我負責撰寫兩岸與外交部分，以“外交與兩岸的互動：進取性的藍海戰略”為名，提出了“不挑戰民族主義與‘一個中國’、從‘一中各表’過度到‘一中同表’、相關事務成立共同體、建立全球華人公民社會”四個觀點。《中國評論》隨後在6月號刊登了這篇國是建言。這篇建言包括了我長期主張的“整個中國”、“統合共同體”、“一中同表”等概念。
馬英九執政以後，一個新的兩岸關係階段重新開始，但是從李登輝開始形塑的兩岸關係深層結構並沒有動搖。民進黨的台獨路線雖然已經挫敗，但是變形為“台灣主體性”訴求的“台獨”或“獨台”主張卻仍是方興未艾，台灣民眾對於兩岸的認同並沒有因馬英九執政而增加，反而有更加斷裂之趨勢。兩大主要政黨思考與宣揚的是如何強化台灣的主體性，卻排斥兩岸共有主體性的可能。馬英九在這個問題上的表現也有些左支右絀，無法提一套兩岸和平發展的大論述，致使兩岸大方向不明確。執政的國民黨仍然擁抱1992年的“一中各表”或“九二共識”，全然不去理會國際、東亞、兩岸、中國大陸、台灣內部都已經有了新的改變，那近二十年前的東西，如何能夠成為新時代的論述？
2008年10月，本人在《中國評論》發表了〈兩岸和平發展基礎協定芻議〉一文，這也是我有計劃將兩岸關係的理念與論述向海內外華人介紹的第一篇。這次我以“動態的寫作方式”構思與撰寫，即雖然我也已有整套的架構，應該也可以在最短時間內完成，但是仍然希望隨著時間的進程，一邊有計劃的撰寫、一邊隨時與其它先進討論做補充修正，一邊觀察時事做論述的佐證。
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