事實上，中國藥監界的腐敗之風，早已引起了中央紀委、監察部及檢察機關等相關部門的高度重視。鄭筱萸離職前後，一場反腐風暴在中國藥監系統迅疾掀起──
2002年，原浙江省藥監局局長周航因受賄折合約400萬元被判死緩，成為中國首位落馬的省級藥監局長；
2005年7月，鄭筱萸退休僅半月余，曾擔任其秘書的國家藥監局醫療器械司司長郝和平及妻子因涉嫌受賄被刑事拘留；
2005年11月，中國藥學會咨詢服務部主任劉玉輝被捕；
2006年1月，同樣曾擔任鄭筱萸秘書的國家藥監局藥品注冊司司長曹文莊，和該司化學藥品處處長盧愛英、國家藥典委員會常務副秘書長王國榮被立案調查；
2006年11月，中國藥學會副秘書長劉永久被捕；
2006年12月，因涉嫌受賄，鄭筱萸及其妻兒被正式立案調查……
“對鄭筱萸的違紀違法問題，要徹底查清，依法嚴肅處理。”2007年1月24日，聽取了監察部就鄭案調查的情況匯報後，國務院常務會議明確提出要求。
隨著調查深入，鄭筱萸涉嫌受賄數百萬、藥監工作嚴重失職瀆職的“權力黑幕”被層層撕開。此後，他受到行政開除處分，被撤銷全國政協委員資格，被開除黨籍，並被依法逮捕……
莊嚴的法庭上，一審法院認定：1997年6月至2006年12月，鄭筱萸利用職務便利，接受請托，為8家制藥企業在藥品、醫療器械的審批等方面謀取利益，多次直接或通過其妻劉耐雪、其子鄭海榕，非法收受款物共計折合人民幣649萬余元。法院還認定，鄭筱萸在全國范圍統一換發藥品生產文號專項工作中，犯有玩忽職守罪。
鄭筱萸不服一審判決，上訴到北京市高級人民法院。2007年6月22日，北京市高級人民法院二審裁定：駁回鄭筱萸的上訴，維持原判，依法報請最高人民法院核準。7月10日，最高人民法院依法核準死刑。
對鄭筱萸案件的查處，充分體現了黨和政府嚴厲懲治腐敗的堅定信心和決心，體現了對人民群眾根本利益的高度重視。
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