據國家統計局和國稅總局公布的數據，近10年來全國已納土地增值稅稅額僅占全國房地產開發企業銷售額的1.29%。呂林粗略測算，開發商應繳的土地增值稅額應占其樓盤銷售收入的15%至30%。根據計算公式，如果按20%的中位數進行計算，2005年到2009年土地增值稅流失數應該在2.52萬億，而財政部公布的2009年全國稅收總收入為6萬億元，占比的確很大。
根據《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》，土地增值稅實行四級超率累進稅率，稅率按照增值額超過扣除項目金額部分數值大小，分別為30%、40%、50%、60%不等。增值額未超過扣除項目金額50%，則土地增值稅稅額徵收比例為增值額的30%。
呂林所估算的數據還沒有得到官方的認可。他告訴記者，目前國稅總局也沒有一個準確的統計，很多領導不相信有如此高額的稅款流失。
據了解，儘管國家從1993年起，不斷制訂、修訂和頒布相關法律、規範，下發相關文件，要求各地依法、規範地開展土地增值稅征管工作，但各地一般是按普通住宅、非普通住宅、別墅、度假村等級，按銷售收入的1%-5%預征率預計徵收，項目結束後，一般由開發商自查自補，未按國家有關法規規定對符合條件者按四級累進稅率清算征管。
被忽略的稅種
為什麼要徵收土地增值稅？
1992年及1993年上半年，我國部分地區出現的房地產持續高溫，炒買炒賣房地產情況嚴重，使很多資金流向了房地產。國家土地資金收益大量流失，為扭轉這一局面，國家出台了一系列宏觀調控措施，其中一項是開征土地增值稅。
土地增值稅有三個立法原則，抑制炒買炒賣地皮、樓花等牟取暴利的行為；維護國家利益，防止國家土地增值收益流失，增加國家財政收入；保護從事正當房地產開發者的合法利益，使其得到一定的投資回報，促進房地產開發結構的調整。
前述政協提案中認為，造成巨額土地增值稅稅款流失的原因，一是國家稅務總局缺少對地方征管監督的行為能力，沒有對征管不力的地方稅務機關有懲罰機制。二是畏難情緒造成地方征管的不作為。三是各級政府總體上對房地產土地增值額及土地增值稅的作用缺乏了解。
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