此外，房地產開發項目的開發商周期一般都比較長，少則1-3年，多則5-10年，甚至更長，不少項目還採取分期開發或滾動開發的方式，且財務核算又較複雜，清算工作難度較大，各地對土地增值稅的清算方法也不統一。
房地產開發形式中有獨立開發、合作開發、滾動開發、成片開發等多種形式，對於滾動和成片開發的項目，其投入的開發成本(包括配套設施費用)、財務費用等，很難在清算項目與其他項目間進行準確分攤。
據了解，房地產開發企業採取一些手段偷逃土地增值稅。各地在土地增值稅試點清算過程中，也發現房地產企業採用了多種手段偷逃土地增值稅。比如：全部成本和費用計入清算項目的扣除項目；而對於尚未銷售完畢的房地產，則不進行或少進行成本和費用的分攤。自用開發產品的開發成本也計入清算項目。既開發普通住宅又開發商業用房的項目，扣除項目的分配方法不盡合理。
從技術的角度，上述政協提案建議，未來應該完善征管監督法規體系。清理各地土地增值稅清算文件，停止執行錯誤文件。修訂和完善有關法規，增強法規的執行力。如，國家稅務總局發布的《土地增值稅清算管理規程》第三十四條中規定，“依照法律、行政法規的規定應當設置但未設置賬簿的，可實行核定徵收。”在沒有相應參照標準的條件下，有些企業就聲稱沒有賬簿等，只好以預征、自查自補方式徵繳了事。
此外，上述政協提案還建議，應完善土地增值稅征管體制；發揮中介機構作用，加強稅務事務所監管；加強對稅務幹部和注册稅務師的業務培訓；優化整合資源，建立房地產稅收信息體系；建立專項檢查督導制度，加強對土地增值稅清算工作的宣傳、組織、領導；科學制定稅負水平；充分發揮土地增值稅在平抑商品房價格虛高和減少囤地帶來暴利中的作用。
有效抑制房價？
土地增值稅的徵收和清算是否一定能夠抑制房價瘋漲？
中央財經大學稅務學院副院長劉桓認為，通過土地增值稅的預征和及時清算，可以均衡和適當縮小房地產開發利潤，對北京、上海等地的房地產炒作加以限制。
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