東塾讀書自成一體
陳澧博學多才，對天文、地理、歷史、數學、詩文、樂律、文字學、書法均有造詣，他曾先後向張維屏學詩、向侯康學史、向梁漢鵬學數學。其中尤以對廣州方言和音韵的研究成果卓著，其所著《廣州音說》論述廣州方言的特點及其源流，陳澧認為，廣州方言的音調合於隋唐韵書切語，因為“千餘年來中原之人徙居廣州，今之廣音，實隋唐時中原之音。”他早年著作《切韵考》，用雙聲、迭韵剖析切韵法，把雙聲分為40類，還把全部漢語語音列表定位。《切韵考》影響巨大，被梁啟超稱為“絕作”。
陳澧研究《水經注》，著有《水經注西南諸水考》，糾溫水、浪水、若水、淹水、沫水、青衣水、葉榆水、存水等水系地理狀況誤說。他著《申範》，考證出《後漢書》作者範曄謀反被處死是一起冤案，在史學中獨樹一幟。他考證漢代“三統歷”，著有《三統術詳說》。
陳澧曾以9年時間著述《漢儒通義》，論證漢學與宋學門戶之見毫無依據，提出不能以訓古和義理來衡量學術上的分野，主張打破門戶之見，漢宋互為補充，各取所長。
陳澧著作中，影響最大的還是《東塾讀書記》。《東塾讀書記》原名《學思錄》，仿顧炎武《日知錄》形式，為讀書札記，對經、史、子及前代文字學著作作全面、系統的考證和論述。該書前後花去陳澧30年時間，是陳澧研究儒家經典的專門著述，也是奠定其本人學術地位的巨著。現代學者傅斯年對這部書很重視，曾把它列為青年學生了解清代學問的入門書。
掌菊坡精舍創東塾學派
學海堂開粵東學術之風，而菊坡精舍則再進一步凝成東塾學派。菊坡精舍是繼學海堂之後廣東漢學的第二個重要基地。
同治六年(1867)，廣東巡撫蔣益澧、鹽運使方浚頤撥款在越秀山建築菊坡精舍，聘陳澧為山長。菊坡精舍距學海堂不遠，陳澧此時仍兼學海堂學長。菊坡精舍辦學宗旨與學海堂無異，但不同的是，學海堂有八位學長，沒有正規的講課授業，而菊坡精舍只一名山長，其考課數量增加，加強了對學生學業的督促，陳澧顯然是要借這方舞台施展自己的教育才華。
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