陳澧在菊坡精舍講學，以學術為重，而並不急於科學功名，他對科舉提出批評改良意見，對八股制藝尤其不滿。首批聽講的學生約50人，都是各州縣選拔的高才生及粵秀、越華、閨羊城三書院的肄業生。他著有《與菊坡精舍門人論學》，即是向學生傳授自己的讀書體會和治學方法。晚清學風浮躁，很多學者難以靜下心來通讀一部經書，陳澧主張“人通一經之學”，每個學生專治一經，從章句開始，積久必成學業。
陳澧認為政事由於人才，人才由於學術，主張建立完善的學術道德與學術規範。他任菊坡精舍山長15年，培養成材的學生很多，“士人出其門者，率知束身修行，成就甚眾”。我們可以略舉數例：文廷式，曾任翰林院編修、國史館協修；於式枚，曾任禮部侍郎、郵傳部侍郎、學部侍郎、國史館副總裁；梁鼎芬，曾任翰林院編修、湖北按察使；汪兆鏞，曾任學海堂學長；譚宗浚，曾任翰林院編修、四川學政……
陳澧還主持編印《菊坡精舍集》，匯集菊坡精舍學子優秀課卷，以嘉惠後學。
理性對待西方科技
陳澧生活在晚清亂世，西學東漸，西人東進，鴉片戰爭，太平天國，陳澧飽受學術失守、戰亂流離之苦。而作為經世致用的學者，他並沒有抱殘守缺，固步自封，而是以一種開放的心態面對現實。陳澧也是最早“睜開眼睛看世界”的一份子。
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