在地區層面上，主要表現在安全機制與不合作問題上。地區的安全機制構建與合作是中美除了在經濟層面上以外的另一大合作領域。美國作為世界性強國，無處不在的參與和影響力決定了其在地區問題的不可或缺性，而中國當前作為一個區域性大國，在周邊事關自身安全和利益問題上，也需要利益表達。當前中國涉及到的一系列地區問題，還是停留在傳統的地緣政治層面，如朝鮮半島、台海地區、南海地區，這些都涉及到國家主權這個最核心也是最原始的利益原點。當然，隨著近些年中國實力增強和向外投射的決心和利益擴散，一些地區問題上也擺脫了地緣政治的範圍，如蘇丹達爾富爾問題、伊核問題。但是，這些問題都有一個特點，那就是西方國家在這些問題上束手無策，導致問題久拖不決，構成了傳統的動蕩地區的一個單元，中國的參與，在一定程度上並沒有化解。理論上認為，隨著利益相關方的增加，問題的複雜程度隨之而加深，傳統的零和博弈被現在的多方非零和博弈取代，導致問題的解決不易妥協並形成一種表面上的穩定狀態。
通過地區層面上中美之間的接觸和利益交叉，導致中美關係出現了新的特征，這就是第三方因素加大，從傳統的中美在利益分歧上的自身碰撞到超越國界，在第三方上形成利益糾葛。這既有中國自身實力增強不斷向外擴散的原因，也冷戰後的多極化趨勢的國際格局有關，還是國際政治鬥爭的新發展決定的。傳統的結盟並沒有隨著冷戰的結束而結束，反倒在多種國際力量的競爭中，出現了相互利用而不是傳統的小國依附大國的局面。東盟的大國平衡戰略、蒙古的三角平衡等都被證明是小國在強國主導國際格局下靈活多變的最優戰略選擇。
這種出現在中美之間的第三方因素，如果不出現極端情況或是重大的拐點事件，一般都比較穩定。這是因為，多方的非零和博弈不易形成兩強的妥協或是私底下撇開第三方的交易，多個利益相關方增加了相互妥協的成本，而多個利益相關方與第三方之間的利益很少存在重合，他們關注的焦點和領域不同，因而在博弈中更容易引進“議題聯繫”戰略。
但是，中美之間的衝突並不是因為在第三方的利益出現碰撞，而是因為中美之間的“不合作”。[5]這種不合作表現在，一方需要問題得到解決，而另一方不積極配合甚至採取不合作的態度，其中問題的解決離開任意一方都不行。很難想象朝鮮半島的局勢如果只有美國或者只有中國會維持穩定。在某一弱小力量引進一強大力量來抵消另一強大力量時，首先會確保這兩強不會私底下犧牲自己；其次在於這一弱小力量確保自身有獨立行使力量的能力；第三在於，區別於冷戰的兩極格局下的依附某一國而對抗另一國，弱小力量會引進多個強力。這樣既能在立場相近的強力之間實施平衡，又會利用一方力量應對另一方力量帶來的威脅。
在中美之間，可以通過台海問題加以分析。對台海而言，中美之間存在著根本的利益分歧，中國是希望台灣統一，而美國是繼續維持台灣不獨不統不武的局面。但是，當前，對中美而言，維護台海的穩定，遏制台獨成為雙方合作的共同立場。這也是中美雙方合作共同維持的結果。而一旦雙方中的某一方採取不合作，那麼台海問題可能導致中美之間出現衝突。從中國來看，美國的不合作可以表現為對台軍售、鼓勵台獨、承認台灣的國家實體地位，這些行為在中國看來，是不利於台灣最終實現統一甚至是分裂統一。對美國來看，中國的不合作可以表現為宣布統一、對台武力威懾、發布武力或者法理統一言論。而從現實看，對台軍售被中國看作不合作的行為，遭到中國的反對，而中國在1996年台海危機中的表現也被美國視為一種不合作的態度。而陳水扁時期台灣獨立的勢頭過猛時，美國對台獨力量的急刹車也表明美國對這種導致出現不符合自己利益行為而有可能引起中美衝突所採取的合作措施。
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