智庫的資金來自政府、個人與機構的捐款或者委托研究，大部分資助只是確定大的研究方向，比如約翰桑頓資助布魯金斯學會成立了桑頓中國研究中心。原則上，直接資助特定研究項目的出資人也不能影響研究結論。但一些完全依靠美國政府和軍方合同的智庫，其立場是否真的完全獨立，可以存疑。另外智庫專家里奇認為企業與基金會資助對研究獨立性的含義不一樣。他把政府的職能簡單地分為制定規則與再分配兩類，企業資助的項目關心的是前者，如電信、能源產業的規則制定，而基金會資助的項目則更關注後者，比如醫療和社保體系的改革。
智庫管理的一個難題是工作評價。智庫研究人員一般有三個方面的活動：撰寫政策研究報告、參與公開的政策討論和與決策者溝通。前兩項工作是看得到並可以統計的，最後一項是智庫工作的關鍵，但很難觀察到，更難量化。美國賓夕法尼亞大學智庫和公民項目已經連續八年發布全球智庫排名，但這個排名在業內的認可度並不高，因為它量化的並不是智庫的核心工作。彼得森國際經濟研究所的尼克拉迪告訴我們，他們所在健康醫療方面並無專業研究能力，卻被排在全球第六位。現在大多數主流智庫都採取相對靈活的綜合評估方法。
成為優秀智庫的重要條件
雖然很難準確地量化，大眾對智庫質量的評價還是相對一致的。比如，一般都認為布魯金斯學會、彼得森國際經濟研究所和外交關係委員會均為美國頂尖智庫。看來一個智庫的質量或影響力似乎是可以被“感受”到的。優秀智庫在關注領域、資金來源和與政府聯繫的方式等方面的差異性很大，但它們的工作通常都具有獨立性、專業性和有效性等特征。而支持這些結果的，主要是兩大重要條件，一是密切的政府關係，二是優秀的研究質量。
智庫需要與政府保持密切的聯繫才有可能影響政府的決策，所以，有的專家認為，“關係就是一切”。如果智庫專家不能進入政府的會議室、見不到決策者，其影響力肯定會打折扣。也許正是因為這個原因，絕大多數成功的智庫都在華盛頓，智庫聘任政府或國際組織離任官員的現象也很普遍，布魯金斯學會就是一個著名的“旋轉門”。國內的情形也一樣，國務院發展研究中心和中國社會科學院本身就在政府體系之內，中國經濟學50人論壇、中國金融四十人論壇和北京大學國家發展研究院等機構的學者與決策者之間的溝通渠道也十分暢通。
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