但在既往的研究中，不可否認還存在一些對巴文化的涵義界定、時代限定和文化甄別等含混不清或稍欠嚴謹的問題。
新中國的考古學成果，為巴文化的研究開辟了廣闊的天地。20世紀90年代以來，隨著偉大的三峽水利樞紐工程上馬的三峽考古發掘，更為巴文化的深入研究提供了史無前例的好機會和好條件。
三峽考古在很大程度上可以說是對古代巴地域的考古，因為在長達600多公里的三峽庫區中，基本上都是屬於古代巴文化活動的區域。
迄今止在持續時間已長達十年的三峽庫區考古中，已積累了一大批重要的巴文化考古資料，這些資料無疑對今後巴文化的深入研究具有不可估量或難以估量的學術價值。
目前在三峽地區的所獲的考古資料，可謂時代早晚俱全，從史前時期到明清時期幾乎所有的時代環節都沒有缺失，文化內涵豐富多彩且不乏精品佳作。
如何正確利用和消化這些寶貴的考古資料，發掘這些資料的深層價值，使學術研究不斷嚴謹化和科學規範化，是擺在我們面前的一項重要學術任務。
考古學的巴文化是指巴族人在特定的時間和地域範圍內創造的物質文化，他們本身應有其時空範圍的因素制約。但在目前對三峽庫區巴文化的研究中，出現了一些對巴文化上限時間無限延長的傾向，即將一些史前期的文化亦列入早期巴文化行列，筆者以為此舉實不可取，因為史前期巴地域的文化不等於巴文化，也不應該稱為“巴文化”，應遵循史前考古學文化命名規則以首次發現的典型遺址命名為宜。考古學的巴文化其時代上限應界定在國家制度出現的夏商時期，下限或以秦一統之前的東周末年為宜。秦漢時期的巴地區文化，事實上已是中原漢文化中帶巴地域色彩的文化融合體，也不屬於我們前述界定的巴文化範疇。
三，小議三峽庫區考古發掘的巴文化遺址
在近十年的三峽庫區文物搶救發掘中，目前已發現發掘並確認出一大批從夏商時期直到東周時期的巴文化遺址。
夏商時期文化遺存在三峽庫區的發現分布一直是學術界格外關注的問題。近年來發現和發掘的重要遺址分別有湖北庫區的宜昌楊家灣、中堡島、秭歸長府沱、官莊坪、巴東官渡口和重慶庫區的巫山琵琶洲、江東嘴、奉節新浦、雲陽李家壩、東洋子、萬縣安全墓地、中壩子、忠縣哨棚嘴和中壩等等。
夏商時期三峽庫區的文化發展，普遍呈現出巴蜀文化色彩偏濃、楚文化色彩較淡的趨勢，這可能與巴蜀鼎盛時期的勢力範圍直接相關。此時期庫區內的考古學文化，與川西成都一帶發現的巴蜀文化遺址內涵特征基本雷同，兩者當存在直接的傳承或影響關係。此外，中原地區夏商文化對庫區文化的影響也留下了明顯的痕跡。
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