其一，“台灣再解放聯盟台灣支部案”。
台灣“農複會”英語翻譯黃紀南接受廖文毅的“台獨”理念，於1949年3月與廖文毅侄子廖史豪秘密成立了“台灣再解放聯盟台灣支部”。因其“台獨”活動被警方注意，翌年5月下旬該支部7名成員先後被捕，均以“參加叛亂組織或集會”被軍法處起訴並判刑。
其二，高雄“台灣共和黨”案。
高雄黃陽輝受廖文毅指令，於1958－1959年秘密組建“台灣共和黨”。該黨計劃短期內在台灣製造小規模騷亂，為兵變做準備，10年內發動兵變，奪取政權。至1959年底，黃陽輝等30多人被捕，並被處以重刑。
其三，廖啟川事件。
1961年9月17日，廖啟川、孫秋源因涉嫌反國民黨和主張“台獨”，分別在台北家中被台灣“警備總部”逮捕。
廖啟川生於1911年，畢業於日本東京帝國大學法律系，早年從事教育，後因競選南投縣長失利而辭教經商。1960年初至1961年春，廖啟川先後結識經商的蔡金鏗、青年黨人李萬居的秘書及《自治雜誌》經營人孫秋源等人，在主張“台灣獨立”與“以暴力推翻國民黨統治”問題上取得共識。1961年7月上旬，廖啟川召集孫秋源、蔡金鏗等人召開秘密會議，商討決定由孫秋源負責文宣，蔡金鏗負責籌募經費，陳東川負責敢死隊，曾負責在軍隊中發展力量。7月下旬，雲林縣議員蘇啟東到台北，孫秋源前往拜訪，談到“台灣獨立”問題二人不謀而合。8月上旬，蘇、孫、廖3人就“台獨”問題取得一致意見後，商定蘇啟東在南部舉事，廖啟川在北部呼應，孫秋源居中聯絡，具體日期為聯合國大會召開之時。就在舉事之前，台灣情報部門偵知此事，1961年9月15日至17日，廖啟川、蘇啟東等人相繼被捕。1962年6月，廖啟川等人被台灣“軍法處”檢察官依《懲治叛亂條例》第2條第32款“陰謀以非法之方式顛覆政府”罪提起公訴，廖啟川、孫秋源均被判刑12年，蔡金鏗被判刑8年。蘇東啟本屬此案，但因具體在南部發動兵變案被另案處理。
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