經過內部討論並徵求各方意見，台灣“國防研究院"清史編纂委員會首先擬定了21條凡例，後來成為台灣版《清史》卷首的叙例。凡例中明確此《清史》將以《清史稿》為藍本，主要是修訂而非撰寫。之後修史人員明確各自分工，除23位編纂委員以外，又外聘了幾位專家參加撰稿和修訂工作，最後由主任並口總編纂負責統稿。一年後，台灣版《清史》告成，以“國防研究院”和台灣中國文化研究所合作名義刊行。
二、劉振東質詢案的來龍去脈
劉振東提出質詢後，1962年6月，“國防研究院”清史編纂委員會作出書面答覆，對台灣版《清史》是否為正史、是否已有人批評、對孫中山稱名而未稱“國父”、本紀是否歪曲事實等方面問題加以回答，基本上不同意劉的觀點。張其昀同時致信劉振東，稱諸多學者曾在美國亞洲學會年會上討論該書，“反應良佳”。
10月，劉振東在“立法院”會議上對《清史》問題再次質詢，提出了長達四萬字的《重修清史方案》。他指出，歷代政府對於官修正史，都十分鄭重謹慎，不敢掉以輕心，因為一旦“自壞民族之歷史”，將成為民族之罪人，而清史編委會的答覆，卻“公然說謊，修辭不誠”。“國防研究院”清史編纂委員會再次答覆，對劉文中涉及的學術問題和有關細節進行了辯解，稱劉振東“讀書太少，少見多怪”。“行政院”副院長王雲五則在立法院會議上口頭答覆，說這部清史“不是官修的正史”，“所以對於現在的這部清史的編纂並不是政府的意思，而且事實上連史也說不上，因為編者在序裡就已說過‘稍作增補以存史料’，它僅是一種史料而已”。
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