《瞭望》新聞周刊調查發現，從全國總體來看，目前中央國家機關還沒有進行公務員醫療保險改革，而各地雖然取消了公費醫療但並不徹底。不少地方廳級以上的公務員仍保持原狀，而且一些省直機關單位和大城市機關公務員醫保待遇，也明顯好於基層公務員。
在江蘇，自從1994年鎮江被列為國家第一批改革試點城市開始，到2013年全省13個省轄市公務員均已納入醫療保險。乍看之下，公費醫療的問題似乎已不複存在，但實際操作中不少地方通過補充醫療二次報銷等方式保障著公務員的醫療待遇。
以南京為例，機關事業單位全部參加職工醫保，實現全市機關事業人員和企業職工基本醫療保險統一制度政策、統一參保繳費、統一繳費比例、統一待遇標準、統一經辦流程、統一醫療服務。在此之外，南京市機關事業單位還建立了單位補充醫療保險，有的實行單位自行補充醫保，有的借助商業保險來補充醫保。
這些都是對於基本醫療保險最高支付限額以上部分，以及全年自付超過一定數額部分進行二次報銷。多位南京公務員向記者透露，雖然公費醫療取消了，但看病和以前感覺差不多，唯一的區別就是自己也要交一部分錢了。
在廣州，目前廣東省直、廣州市部門參加醫保的公務員，雖然每月工資單能夠反映出繳交幾百元醫保費用，但仍採取財政返還的方式補回。記者在廣州市2012年度部門決算報告中看到，該市市直行政事業單位公費醫療開銷達14.35億元，其中行政單位公費醫療開銷為4.3億元，事業單位公費醫療開銷為10.05億元。而同期，城鎮居民醫保支出只有2.34億元。
在其他省份，“層級越高、保障越好”的情況也普遍存在。遼寧省政協經濟委副處級幹部馬威告訴記者，前一陣他治療腦血管疾病花費了6500元，最終單位給報銷了“大頭”，個人只花了750元左右。“對省直公務員來說，這個保障情況還是挺可心的”，他說。
湖南財政部門一位官員告訴記者，“實報實銷”的公費醫療，如今只在極少數單位、離休幹部和部分高級領導幹部層面才能享受。而基層公務員的機關事業單位醫療保險，基本保障與城鎮職工醫療保險、居民醫療保險等大體相當。此外，公務員享受大病統籌，一旦罹患部分嚴重疾病，更有保障。但即便如此，保障也是有限的。在基層公務員中，因病致貧的例子也不勝枚舉。
中山大學社會政策與社會保障研究所所長岳經綸表示，公務員加入醫保，應該帶著參保費用來充實醫保基金池。“政府作為公務員群體的雇主，也應為雇員(公務員)繳納一定比例的保費，同時要兼顧公務員的服務年限、退休公務員等特殊群體。”岳經綸說。
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