台灣、中國、以及東亞的海洋爭議
台灣對美國重返亞洲的態度曖昧模糊，亦反映在台灣處理東海與南海領土爭議的矛盾政策，這兩個區域也是美國重返亞洲的重要面向。最重要的是，台灣與中國在東海及南海的領土主張相互重疊，但在某些方面，處理主權主張的方式卻截然不同。馬英九總統長期以來一直很關心台灣對釣魚台/尖閣諸島的主權，他也經常表達他個人強烈的信念，認為釣魚台屬於中華民國。然而，馬總統在2012年8月5日提出了創新的五點“東海和平倡議”，呼籲相關各方：應自我克制，不升高對立行動；不放棄對話溝通；遵守國際法；以和平方式處理爭議；建立機制，合作開發東海資源。
2013年4月10日，台灣與日本達成廣受各方讚許之漁業協議，終止在釣魚台附近海域捕魚之台灣漁民與日本執法單位的衝突，這和馬總統的倡議完全一致。該協議迴避、並且在不損及彼此主權主張的情況下，讓雙方的漁船都能在相同海域進行捕撈作業。
台灣透過外交途徑解決這項爭議（顯然惹惱了北京），與中國大陸在處理同樣爭議時所採取的手段，形成鮮明對比。中國非但未與日本發展出一套避免危機的機制，還堅持進行姿態強硬的海上與空中巡邏，日本則採取同樣的方式加以回應。
台灣也正尋求與菲律賓簽署類似協議，以終結在南海海域所經常發生的捕魚爭端。包括2013年5月菲律賓海巡人員開槍射殺一台灣漁民的事件。根據台灣外交部指出，該協議明訂在巡邏漁場時，不得使用“武力或暴力”，同時也建立發生漁業相關事件時的雙邊溝通機制，並儘速釋放被羈押的漁民。雖然該協議尚未正式簽署，但相關規範據說已開始實施。
美國國防部長海格（Hagel）於2014年5月31日在新加坡舉行的亞洲安全高峰會（香格里拉會議）上，就曾讚揚台灣與菲律賓透過外交上共同努力達成該協議。台灣在處理與日本及菲律賓的海洋爭議上，的確都符合國際法規範，且對美國重返亞洲之目標有所貢獻，就算台灣在處理這些議題時並未刻意以此為目的。
但在此同時，台灣對南海的領土主張，卻跟中國的主張完全重疊，也因此具有強化中國主張的效果。2014年5月9日，台灣外交部長重申“從歷史、地理、以及國際法的角度而言”，中華民國之“固有領土及於南沙群島、西沙群島、中沙群島…與東沙群島，以及其周邊海域、海床和底土（subsoil）。”
事實上中國與台灣都根據所謂的“南海九段線”主張領土及於整個南海，作為基礎，“南海九段線”首見於1947年12月1日由中華民國所出版的地圖，當時一共有11段線。中國接受了這11段線主張，但後來周恩來在沒有任何解釋的情況下移除了中、越之間在北部灣（Gulf of Tonkin，舊稱東京灣）的2段虛線，形成了9段線。中國或台灣既不曾合理化這份缺乏特定地理座標的地圖，也未曾解釋這些虛線怎麼樣連成實線。中國於2009年5月7日向聯合國正式遞交九段線圖，之後菲律賓、越南、馬來西亞、文萊、以及印尼政府都公開表示抗議。2013年中國還以一份新的10段線圖，擴大其領土主張，新的虛線劃在台灣東邊，等於是把台灣納入中國版圖。
台灣處理太平島的方式，也類似於中國對所佔領之南海島嶼與礁岩實施的政策。中國近年來在本區採取了許多作為，包括設置武警、雷達與通訊設施，以諸多砂島（sand shoals）為基礎構築人工島，並在小島上設置碼頭、飛機跑道、及其他建築，有效地將菲律賓海巡排除在黃巖島之外。中國甚至警告說未來將設立一個涵蓋整個南海的中國航空識別區。
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