（二）防救天然災害及善後處理辦法時期（1965.5～1994.7）
這一時期，“中央政府內政部”仍然沒有任何自然災害防救法令為依據。台灣省政府廢止了之前頒布的災害救濟、災害組織等相關規定，主要以1965年5月24日發布制定的“台灣省防救天然災害及善後處理辦法”，作為執行風災、水災、震災等自然災害應變救災時的依據。這一時期，在災害發生前後成立三級災害防救組織，最高層級的災害防救組織是省災害防救會報，負責處理自然災害防救聯繫、協調與監督事宜；縣市則設立防救災害指揮部，各警察分局設立防救災害指揮所，鄉鎮設立防救災害執行中心。其中，防救災害指揮部受防救災害會報的指導、監督，辦理災害防救、查報及善後處理事宜。防救災害執行中心則受防救災害指揮部的指揮監督，執行災害防救相關事宜。同時，台灣省政府各廳、處得就其管轄範圍視災變可能受害的程度設置防救小組，專責處理主管業務並執行災害防救會報的決議。該辦法後經1974年、1981年、1983年修正，在台灣省災害防救會報下設立綜合防救中心（設於警務處內），以處理災害中緊急防救事宜。這一時期的災害防救體系不僅缺乏“中央層級”的相應制度體系，而且偏重於救災而疏忽防災，災害範圍也僅限於自然災害，無法涵蓋空難、陸上交通事故等人為災害，因此其災害應對組織體系仍然不完整。
（三）災害防救方案時期（1994.8～2000.6）
鑒於1994年華航名古屋空難和洛杉磯大地震的發生，台灣當局借鑒美國、日本經驗，由“行政院”將已擬定的“天然災害防救方案”修正為“災害防救方案”，並於1994年8月4日頒布實施，成為這一階段台灣災害危機管理的法規依據。根據該方案，災害防救的範圍從原先的自然災害擴展為消除人為災害及減輕自然災害，並建立了“中央”、省（市）、縣（市）及鄉（鎮、市、區）四級防災會報，平時定期召開，以落實防災業務執行，以提升災害應變能力。當有災害發生之虞或發生災害時，“中央”、省（市）、縣（市）及鄉（鎮、市、區）視災害範圍及嚴重性，分別成立各級防救中心，以統籌指揮、協調、管制災害緊急應變事宜，各相關“部會”應於內部成立“緊急應變小組”，與“中央災害防救中心”及其他災害防救單位緊密配合，實施災害防救工作。還須制定各層級的防災計劃：“中央”制定“防災基本計劃”，“中央各相關部會”及公用事業依據“防災基本計劃”制訂所屬事務或業務應採取的災害防救措施訂定“防災業務計劃”，地方政府依據“防災基本計劃”及“防災業務計劃”制訂所屬“地方防災計劃”，並規定災害預防、災害應變及災害善後三大階段，各部門應該採取的措施、工作內容、預期目標等內容。
這一時期，台灣的災害種類涵蓋自然與人為災害，並且開始重視減災工作，整體災害應變體系也較以前更為完備，但該體制經歷1995年荻安娜等台風，1996年侵襲台灣的凱姆、葛樂禮、賀伯等台風，1999年921大地震的實際運作，仍然暴露出各級防災會報未發揮應有功能、“中央”與地方權責尚未完全釐清、各級災害防救中心硬體設施不敷救災所需等問題。
（四）災害防救法時期（2000.7至今）
1999年921大地震的發生，使“災害防救方案”面臨著巨大的考驗，“行政院”研擬、完善了自1994年即開始訂定的“災害防救法（草案）”，並於2000年7月19日頒布實施，這是台灣首部災害防救法律層級的法規。其後歷經2002年、2008年、2010年等多次修正完善。按照“災害防救法”的規定，台灣的災害防救組織層級精簡為“中央”、直轄市、縣（市）鄉（鎮、市）三個層級，分別設“災害防救會報”，訂定“災害防救計劃”，規劃、督導災害預防工作。災害發生時，則分別成立“災害應變中心”或“緊急應變小組”，配合災害應變中心執行各項應變措施。按照時間序列，台灣災害危機管理分為災害預防、災害應變、災害複原三大階段。依據“災害防救法”及其修正條文規定，台灣現行各級災害防救組織在不同階段之運作機制如下：
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