1、指揮系統紊亂。莫拉克風災期間，台灣災害管理整個指揮系統混亂。其中，災害危機管理的核心機構——“中央災害應變中心”的領導人頻繁更換。2009年8月6日開設時，由“中央”災害防救業務主管機關——“內政部長”廖了以擔任，但8月9日廖了以到屏東成立前進指揮所，指揮官由政務委員範良銹接任。8月14日，又由“交通部長”毛治國接任。馬英九也曾親自到“中央災害應變中心”，主持第三次、第六次、第八次、第十一次、第十三次工作會報，並親自下達裁示。同時，地方層級的指揮系統也存在嚴重問題。如2009年12月7日“監察院”報告認為，高雄縣甲仙鄉公所於莫拉克台風期間，防災人員未能於災害應變中心成立時，立即確實進駐輪值，該公所對農委會水保局及高雄縣政府發布的泥石流紅色警戒通報，也未能確實執行撤離疏散，造成甲仙鄉災情嚴重以及小林村近乎滅村與滅族的浩劫。
2、災情信息傳遞不通暢。災情信息傳遞是否通暢，是災害應急管理的關鍵因素之一，處於災區的地方政府最了解災情，其災情傳遞是否準確、迅速將直接影響災害的搶救效率。莫拉克風災中，受災地區多處於偏遠山區，當地有線電話多因道路、橋梁衝毀而中斷，警用無線電無法使用，僅有部分山區因中華電信局基地台對外聯繫。因此，第一手災情無法完整迅速傳遞出去，相關災害應變部門無法正確判斷救災時機與救災方式，從而錯失救災黃金時機。不容忽視的是，長期以來，縣、市、鄉、鎮政府的救災資源較為缺乏、專業救災技術與器材均不足，也影響救災效率。
3、政府間聯繫不暢，延誤黃金搶救時機。台灣政治民主化以來，“中央”與地方首長屬於不同政黨已成為常態，平時就存在執政分歧，但在救災的關鍵時刻，仍然無法摒棄前嫌，上下一致救災，卻存在只問立場，不問是非，互相扯皮等問題。如莫拉克風災期間，民進黨地方首長和“民視”一致批評“中央政府”和“氣象局”沒有盡力疏散甲仙鄉小林村居民。但當時災情的通聯記錄顯示，“氣象局”早已多次通知地方官員要小林村村民撤離。
4、災害防救體系過於切割，難以整合。災害發生時往往是複合型的，但是依據“災害防救法”各類災害有不同的業務主管單位，使災害防救管理被切割，統整非常困難。莫拉克台風期間，風災伴隨崩塌、洪水、泥石流等等災害在短時間內同時爆發，但從法律層面而言，水災應由“經濟部”負責，泥石流由“農業委員會”負責，道路受損則由“交通部”負責，各業務主管部門各司其職，以致於災難預警系統、事故發生的緊急應變措施網路等等均無統一的標準流程及運作方式，導致救災指揮失序。同理，台灣的河川流域管理也缺乏整體性應變計劃，各種災害防救計劃均以行政區域為出發點，但災害往往跨越行政區域，如淡水河流域跨越台北縣市、桃園縣、基隆市等，但管理單位眾多，事權無法統一，部分災害處理權責規定不清。
5、“專業讓位於政治”。災害防救是一個複雜的系統工程，不僅需要有完善的災害應變體系，而且需要有對地區土地利用、災害潛勢分析等長遠規劃。但是台灣頻繁的選舉，無論哪個政黨上台，所有施政都是為四年後的再選舉鋪路。因此，地方首長往往花費大筆資源推動“面子工程”，從而排擠真正重要的基礎工程建設。而在“立法部門”，一些長遠的防災規劃項目，也往往因“立法委員”認為沒有“急迫性”而被擱置。另據2011年3月14日的台灣TVBS報道，為了預防海嘯，2006年台灣海洋大學和“氣象局”提出一套能夠遠洋監測地震和海嘯的海底纜線系統的“媽祖計劃”，申請50億元預算，最多能為民眾爭取20分鐘的逃命時間，減少90%的傷害。但“立法院”以該計劃沒有急迫性為由拖了5年，直到2011年才核准了8.9億元預算。
6、媒體溝通有待加強。台灣政治民主化後，媒體享有新聞報道的傳播自由，媒體通過議程設置，吸引民眾的眼球，左右社會輿論導向。災害危機本身具有突發性、緊急性、社會性以及高度不確定性等特點，因此“危機一直是好的新聞題材”，災害危機一旦發生，立刻成為媒體關注的焦點。災害發生後，政府應適時舉辦記者會、發布新聞稿等，同時提供媒體實時、正確的災害信息與救災舉措，民眾就可以通過媒體實時獲取救災信息，不僅有利於維持政府救災的正面形象，而且有利於提高救災效率。但莫拉克台風引發嚴重災情後，“中央災害應變中心”初期沒有統一的政府部門快速公布災情與救災進展，無法讓民眾、社會、島內外媒體充分了解災情及救災進展，嚴重影響“政府”形象，導致島內外媒體嚴厲指責。而台灣的媒體工作者在全面及時報道災情、監督“政府”方面起了不可忽視的作用，但基於利益考慮，媒體往往具有鮮明的政黨傾向，針對有聚焦能力的新聞材料大肆炒作，嚴重影響政府形象，使政治人物疲於奔命應付媒體，降低救災效率，甚至造成社會族群對立，喪失客觀、獨立、公正的媒體監督立場。
總之，1949年以來，台灣災害危機管理制度體系不斷完善，災害防救能力不斷增強，尤其是2000年“災害防救法”的頒布，使得台灣災害危機管理進入一個有法可依、制度化的新階段。災害危機管理制度化、不斷修正完善的目標是將非程序性決策變為程序性決策，使危機管理有章可循，但是災害危機所具有的突發性、緊急性、高度不確定性等特點決定了災害危機管理又是非程序性決策，這二者之間的矛盾，再受到政治體制、組織關係、領導人意志、民眾與社會媒體的參與等要素的制約，使得災害危機管理制度看似完善，但在實際災害應變過程中運作不靈、問題頻現。可見，災害危機管理既要有長遠的制度規劃，又要有災害應變各階段的災情信息及時、有效的傳播、災害防救資源的有效動員以及災害防救組織間密切有效的分工與合作，才能真正提高災害危機管理效率。
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