（三）台灣思想庫及其大陸研究
現有對台灣思想庫的研究成果較為分散，尚未有系統研究。台灣主要思想庫包括：台灣智庫、台灣綜合研究院、中華經濟研究院、中央研究院、陸委會大陸資訊及研究中心、亞太安全合作理事會、中華歐亞教育基金會、國策研究院、台灣政治大學東亞研究所、散布在台灣的“大陸研究中心”、一些“基金會”等。美國賓州大學國際關係研究計劃的“智庫與公民社會項目”智庫年度報告《2010年全球思想庫排名》台灣排名第22，上榜智庫為52個[4]。大陸對之研究較少，如《台灣地區的高校大陸研究：現狀、特點和啟示》（2005年）、《台灣大陸研究方興未艾》（2002年）；從思想庫的研究視角就更為缺失，對台灣的大陸研究也不多見。兩岸對藍綠陣營政黨大陸政策與決策體系關注度較高，如《民進黨當局決策體系初探》（倪永傑2004年），對台灣思想庫及其大陸研究關注不夠。
台灣思想庫的大陸研究自成體系，研究領域和方法多元，對大陸研究反思性成果不多見，如《微觀台灣學界對中國大陸的研究角度》一文指出，在台灣沒有一種中國大陸觀能免於政治影響以及政治化的社會環伺（石之瑜、包淳亮 2012年）。台灣針對大陸研究的專門出版物以《中共研究》、《中國大陸研究》為代表。
綜上，中外學界、海峽兩岸學界對思想庫（特別是歐美思想庫）的理論研究較為系統，但尚需在以下幾個角度繼續深化：（1）科技革命促成抓取信息的手段發生了變化，思想庫存在的形式和對社會政策作用的傳統機制也隨之變化，要利用現代信息技術手段研究思想庫發展的趨勢和新形態；（2）已有研究對台灣思想庫在兩岸關係中發揮影響力的機制缺少足夠的研究，缺少對台灣思想庫的整體研究，對某一個思想庫的具體研究就更不多見（3）已有研究重視台灣政黨的大陸政策和決策體系，對台灣政黨與思想庫間決策體系的關聯性重視不夠；（4）對美國思想庫與台灣思想庫間的交流機制和角色互動缺少系統研究。正因如此為鞏固和深化兩岸關係和平發展的政治、經濟、文化、社會基礎，有必要系統研究台灣思想庫在兩岸關係發揮作用的角色。
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