1、產出新思想、新理念。台灣思想庫通過主旨演講、合作與學術交流、出版物、核心論文、承擔的專案（來源國科會、陸委會、教育局、經濟局、政府委托等）或者就某對外政策問題直接上書 “總統”；擔任“政府”決策者的顧問；與決策者或民意代表保持密切關係等影響決策。
2、發揮“旋轉門”作用。台灣思想庫中不僅有許多通曉國際問題的學者，也有很多卸任政府官員，這些人因在台灣政界擁有深厚的人脈和對官僚政治的熟悉，其觀點仍能對決策產生影響。他們很可能重返政壇，思想庫成員也可能走向政壇，直接成為決策者（例如台灣政治大學國際關係研究中心中國經濟與社會研究所前所長陳德升博士經國安會秘書長蘇起博士提名，榮任國安會咨詢委員，對大陸政策提供政策咨詢）。
3、發揮“第二管道”作用。台灣思想庫常與歐美思想庫或民間組織就共同關心的國際、地區或雙邊問題舉辦研討會或對話會，參加者既有知名學者，也有卸任政要、還有以民間身份參加的政府官員，具有半官方色彩，因而頗具政策影響力。台灣思想庫通過人員交往、國際研討或正式結成思想庫網絡，就某一區域性、跨國性課題開展合作研究，扮演外交安全思想接觸的第二軌道，在兩岸關係及其多邊關係中發揮助推器的作用。
發揮輿論向導的作用。引導或塑造輿論氛圍，通過舉辦報告會、培訓班、講座或吹風會以及出版書刊、發表媒體評論或訪談等，引導或塑造公眾輿論，對決策施加影響。
（二）與歐美思想庫互動的維度
台灣思想庫隨著兩岸關係的深化，亞太格局的演變，台灣思想庫發展呈現出更多的國際化趨勢。台灣思想庫通過人員交往、國際研討或正式結成思想庫網絡，就某一區域性、跨國性課題開展合作研究；扮演外交安全思想接觸的第二軌道；在兩岸關係及其多變關係中發揮助推器的作用。
台灣思想庫借助“二軌外交”，影響美國對華決策。台灣當局在美國各地開設了辦事處，組建了福摩薩公共事務協會、世界台灣人協會、台灣進出口協會、北美台灣醫學協會、北美台灣人基督教堂委員會、台灣籍美國公民聯合會、台灣國際聯盟、台灣國際研究會中心等駐美台灣思想庫。以上機構團體在美國展開游說活動，並接近美國政要，為美國思想庫和大學的研究、出訪提供贊助和捐款，開展學術合作計劃，舉辦講座。在目前對美國對華政策有著重要影響的前三十家思想庫中，基本上都與台灣有這樣那樣的聯繫，直接接受台灣捐款的至少有10家，其中有的還參與台灣政治黑金事件[8]。這些都使那些受益的思想庫、專家學者對台灣更為親切，不自覺地表達出傾向於台灣的觀點；美國也在台灣資助成立思想庫，如2011年美國在台灣資助成立“麥克阿瑟安全研究中心”，重點研究兩岸和平機制。
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