此時第二集團軍馮玉祥部人多勢眾，蔣故意拉閻抑馮，於6月4日通過國民政府任命閻為京津（後稱平津）衛戍總司令，並讓第三集團軍部隊先行入京，天津亦和平接收。
至此，閻錫山在北伐中掌握了晉冀察綏四省和平津兩特別市的軍政大權。10月19日，國民黨中央政治會議任命閻為內政部長（由趙戴文代理）。
閻錫山從此與蔣介石、馮玉祥、李宗仁齊名，成為雄踞華北的軍閥。
1929年3月召開的國民黨第三次全國代表大會，閻雖未出席，但仍當選為中央執行委員（四、五屆連任）。
興師問鼎兵敗中原
1929年初，國民黨召開編遣會議。蔣介石擬利用編遣全國軍隊之機削弱異己，首先任命閻錫山為蒙藏委員會委員長，以孤立馮玉祥和李宗仁。
閻在各方討價還價聲中，曾提出有利於蔣的編遣方案。
3月15日第三集團軍總司令部被撤銷，而代之以第三編遣區辦事處後，閻成了光杆司令，方知上當受騙，遂聯馮以辭職並以相偕出洋相要挾。
6月25日馮玉祥抵達太原，閻竟然將馮軟禁以自重。蔣閻雙方函電往來，討價還價。
7月23日，國民政府特派閻為西北邊防司令長官，閻以“此時對外對內不宜設此官”為由，拒絕就職，並於8月27日辭去山西省政府主席以試探。
10月28日，國民政府任命閻為陸海空軍副司令，但蔣聲稱“在中央有職務者不得再兼省職，國務委員應在京，無事不得離職”。閻知蔣為調虎離山，推諉不就；後在各方人士敦促下，始於11月5日就職，但並不到南京視事。
當年12月，唐生智聯閻倒蔣，閻暗中首肯。在唐發出通電後，閻見其未將已名列於首位，在趙戴文等人的勸阻下，出爾反爾，轉而與張學良等通電擁蔣反唐。蔣令討唐軍均歸閻指揮，閻於1930年（47歲）1月3日親赴鄭州指揮作戰。蔣為消滅政敵，密令何成浚與河南省主席韓複榘相機捕閻。此計被閻的部下竊聽電話獲悉，閻乃化裝遄返太原。
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