11. 國家的領土主權是其海洋權利的基礎，這是國際法的一般原則。國際法院指出，“海洋權利源自沿海國對陸地的主權，這可概括為‘陸地統治海洋’原則”（2001年卡塔爾－巴林案判決第185段，亦參見1969年北海大陸架案判決第96段和1978年愛琴海大陸架案判決第86段），“因此陸地領土狀況必須作為確定沿海國海洋權利的出發點”（2001年卡塔爾－巴林案判決第185段、2007年尼加拉瓜－洪都拉斯案判決第113段）。國際法院還強調，“國家對大陸架和專屬經濟區的權利基於陸地統治海洋的原則”，“陸地是一個國家對其領土向海延伸部分行使權利的法律淵源”（2012年尼加拉瓜－哥倫比亞案判決第140段）。
12. 《公約》序言開宗明義地指出，“認識到有需要通過本公約，在妥為顧及所有國家主權的情形下，為海洋建立一種法律秩序”。顯然，“妥為顧及所有國家主權”是適用《公約》確定締約國海洋權利的前提。
13. 就本案而言，如果不確定中國對南海島礁的領土主權，仲裁庭就無法確定中國依據《公約》在南海可以主張的海洋權利範圍，更無從判斷中國在南海的海洋權利主張是否超出《公約》允許的範圍。然而，領土主權問題不屬於《公約》調整的範疇。
14. 菲律賓也十分清楚，根據《公約》第二百八十七條和附件七組成的仲裁庭對於領土爭端沒有管轄權。菲律賓為了繞過這一法律障礙，製造提起仲裁的依據，蓄意對自己提請仲裁的實質訴求進行精心的包裝。菲律賓一再表示自己不尋求仲裁庭判定哪一方對兩國均主張的島礁擁有主權，只要求仲裁庭對中國在南海所主張的海洋權利是否符合《公約》的規定進行判定，使仲裁事項看起來好像只是關於《公約》的解釋或適用問題，不涉及領土主權問題。然而，菲律賓的包裝無法掩飾其提請仲裁事項的實質就是南海部分島礁的領土主權問題。
15. 關於菲律賓提出的第二類仲裁事項，中國認為，南海部分島礁的性質和海洋權利問題與主權問題不可分割。
16. 首先，只有先確定島礁的主權，才能確定基於島礁的海洋權利主張是否符合《公約》。
17. 《公約》規定的有關專屬經濟區和大陸架的海洋權利均賦予對相關陸地領土享有主權的國家。脫離了國家主權，島礁本身不擁有任何海洋權利。只有對相關島礁擁有主權的國家，才可以依據《公約》基於相關島礁提出海洋權利主張。在確定了領土歸屬的前提下，如果其他國家對該國的海洋權利主張是否符合《公約》的規定提出質疑或者提出了重叠的海洋權利主張，才會產生關於《公約》解釋或適用的爭端。如果島礁的主權歸屬未定，一國基於島礁的海洋權利主張是否符合《公約》規定就不能構成一個可以提交仲裁的具體而真實的爭端。
18. 就本案而言，菲律賓不承認中國對相關島礁擁有主權，意在從根本上否定中國依據相關島礁主張任何海洋權利的資格。在這種情形下，菲律賓要求仲裁庭先行判斷中國的海洋權利主張是否符合《公約》的規定，是本末倒置。任何國際司法或仲裁機構在審理有關島礁爭端的案件中，從未在不確定有關島礁主權歸屬的情況下適用《公約》的規定先行判定這些島礁的海洋權利。
19. 其次，在南沙群島中，菲律賓僅僅挑出少數幾個島礁，要求仲裁庭就其海洋權利作出裁定，實質上是否定中國對南沙群島的領土主權。
20. 南沙群島包括眾多島礁。中國歷來對整個南沙群島、而非僅對其中少數幾個島礁享有主權。1935年中國政府水陸地圖審查委員會出版《中國南海各島嶼圖》，1948年中國政府公布《南海諸島位置圖》，均將現在所稱的南沙群島以及東沙群島、西沙群島和中沙群島劃入中國版圖。1958年《中華人民共和國政府關於領海的聲明》指出，中華人民共和國的領土包括南沙群島。1983年中國地名委員會公布南海諸島部分標準地名，其中包括南沙群島的島礁。1992年《中華人民共和國領海及毗連區法》也明確規定，中華人民共和國的陸地領土包括南沙群島。
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