就因為在海外的“台獨”人士紛紛返回台灣，使得原先不敢主張台灣獨立的民進黨人士，也跟著舉起“台獨”的旗幟，與國民黨主張統一的人士不斷的進行意識型態上的對抗。
民進黨為了整合“台獨”的旗幟，於是在1991年10月13日的第五屆第一次“全國”黨員代表大會（全代會），通過修訂黨綱中的一個條文，成為被外界通稱的“台獨黨綱”，它的目的是為了“建立主權獨立自主的台灣共和國”，而草案是由創黨黨員林濁水等所起草。一般外界容易以為該條文是一個單一文件，其實它僅是民進黨黨綱中的一條，描述台海現狀，並揭示民進黨追求讓台灣成為正常化國家的理念。
為了和民進黨“台獨黨綱”對抗，1992年國共雙方也建立“九二共識”，作為兩黨追求統一的基礎。“九二共識”最早起源於1992年的“九二香港會談”
，但在會談結束後，當時國共雙方並未真正達成共識。兩岸在隨後多次談判中，逐漸形成這個默契。
2000年4月28日，當時的陸委會主委蘇起於卸任前創造並公布了“九二共識”這個名詞。但因為它只是經由兩個非官方組織（海基會與海協會）口頭協商形成的共識，雙方對它的理解與解釋又有所不同，因此到目前還是存在許多爭論，甚至連它存在與否，也有爭議。
而中共官方一開始並不承認存在“九二共識”。直到2005年，國民黨主席連戰訪問中國大陸，與中共中央總書記胡錦濤會談後，中國國民黨與中國共產黨達成共識，中共政府開始接受該名詞，並在公文書上使用。
這也是“連胡會”5項願景中，第一項開宗名義會使用“促進兩岸在九二共識基礎上盡速恢復平等協商”的緣故。
雖然國共雙方後來肯定有“九二共識”存在，但是雙方對“九二共識”內涵的認知上，也有很大的差距。大陸方面對“九二共識”的認知是“一個中國原則”，但是國民黨認為“九二共識”的內涵是“一中各表”。
由於國共雙方對“九二共識”的認知差很大，所以民進黨的認知就更是南轅北轍了。民進黨從陳水扁執政時期認知的“九二共識”是“沒有共識的共識”，一直延續到現在，民進黨也沒有人說得清楚“九二共識”的內涵，於是民進黨提名2016年的“總統”參選人蔡英文乾脆就說“兩岸關係不是國共關係”，應該是政府與政府之間的關係。
蔡英文這句話其實否定了過去6年多來國共所簽署的諸多協議，因為過去兩岸所簽署的協議民進黨並未參加，所以兩岸即使是以白手套海基會和海協會簽署協議，但是在民進黨的反對下，簽署協議看似進行得相當順利，但是就像“服貿協議”一直在“立法院”過不了關，就可顯現協議簽署的主角，還是以國共兩黨為主，其他的政黨並未有實質上的參與。
就因統獨的意識籠罩整個台灣，所以過去藍綠兩大黨在選舉中，就不斷的以“九二共識”和“台獨黨綱”對戰，到1999年民進黨雖然又通過了“台灣前途決議文”，想以這個決議文取代“台獨黨綱”，但是“台獨黨綱”已經深入人心，如果沒有拿掉，大家所認知的民進黨，還是一個“台獨黨”。
台灣雖然沒有階級意識作為鬥爭的對象，但是以統獨為主的政治鬥爭，仍然不時的影響到台灣的政治、經濟、社會各方面的鬥爭，這也是台灣不斷造成內耗的惡果，讓台灣的經濟發展倒退回14年前的水準。
所以意識型態的鬥爭，對國家發展中的經濟發展影響最大，以中東地區為例，雖然很多國家盛產石油，讓這些國家擁有巨額的資金，但是在宗教衝突不斷的情形下，中東國家並無法利用這些資金來發展經濟，這就造成這些國家越有錢，就越落後的結局。
台灣也是一樣，在威權體制時期台灣可以創造“經濟奇蹟”，但是在全面民主化以後，統獨的爭議影響台灣的發展甚巨，結果是讓新一代的台灣人身處在不確定的環境中，大家對未來前途相當悲觀。
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