近30年的實踐證明，兩岸經貿交往有其自身的發展規律，也逐步形成了良性密切的互動關係，儘管其間受政策因素制約而呈現出明顯的“民間、單向、間接”特點，表現出巨大的不對稱性與不平衡性，但兩岸經濟上互補互利、合作雙贏的功能性一體化合作格局已經基本形成，這一互動趨勢隨著經濟全球化與區域經濟一體化進程的加快而進一步增強。現階段，儘管ECFA的後續發展還面臨著諸多的障礙與挑戰，但機遇大於挑戰，兩岸經濟合作趨勢不可阻擋。
四、兩岸經濟合作進程中存在的障礙與瓶頸
兩岸經濟交往與合作，經歷了數量從無到有、規模從小到大、範圍由點到面、領域由淺入深的發展過程，而這也正是在兩岸關係逐步發展，兩岸經濟合作的性質與定位日益明確的過程。在區域一體化的大背景下，兩岸經濟合作漸趨緊密，通過要素禀賦、比較利益優勢的互補，實現雙贏，並形成合作形態。這裡所指的經濟合作是指由在市場機制推動下、以經濟的高度密切互動為基礎而不依賴於協定或組織保證的經濟體之間整體經濟關係的強化。其動力來自於市場機制自發的內在要求，代表了經濟合作的實質性內容 。隨著兩岸經濟合作的發展，建構制度化保障，已成為深化兩岸經濟合作的必然選擇。而ECFA的簽署與後續協商則為兩岸經濟合作的制度保障提供了有效的途徑。
（一）兩岸合作進程及面臨的障礙
經典的理論強調制度對經濟合作的重要影響和制約。從兩岸經濟合作的演化過程看，制度化建設至關重要的。自1979年大陸在“一國兩制、和平統一”的基礎上，以實現“三通”為切入點，推動與台灣的經貿交流以來，兩岸經濟之間以“民間、單向、間接”為特征的自發性、功能性的交流持續20多年，雖已形成密切互動的合作形態，但是由於政治上的障礙，長期缺乏正式的制度安排及規範機制，不僅使兩岸經貿交往出現嚴重的失衡局面，扭曲了資源配置，而且還影響了兩岸經濟合作的進一步深化。因此，要推動兩岸經濟合作的發展就必須有制度化的保障。
需要指出的是，在經濟合作的的推進過程中，由於缺乏制度性的保障，使得經貿交流長期以來只能採取“民間、單向、間接”的方式進行，以取得在原有的制度安排下無法得到的獲利機會。然而，政治上的對立與僵持畢竟給兩岸經濟合作的成長空間帶來極大的制約。大陸與台灣作為WTO中的平等成員方，在推動經濟合作的過程中，不可避免的會涉及到關稅談判、宏觀政策協調等問題，而這些問題必須通過公權力的協商以達成制度性框架協議才能夠加以解決。因此，儘管市場力量能夠在推進經濟合作中發揮積極的作用，而且兩岸經濟合作的既有成果也多是建立在台灣當局對既成事實的默許上的，如兩岸也通過多種方式和管道（如“兩岸包機談判澳門模式 ”等），為解決兩岸經濟交流中出現的問題進行過事務性協商，達成了某些功能性協議，以共同規範兩岸經貿交流活動，但兩岸經濟合作的實現最終還是受制於兩岸公權力的協商進程。隨著經濟合作的深化，兩岸從企業界、學界到一般民眾，都強烈要求盡快建構制度化的兩岸經濟合作機制。但由於政治上的障礙，大陸與台灣始終難以就建立制度化的經貿交流機制進行協商，因此，有關包括關稅減免等在內的任何涉及制度性安排的經貿議題協商均無法展開，這對於經貿往來密切、貿易與投資金額巨大、功能性一體化特征明顯的兩個經濟體而言，是極為罕見的。這種情況一直到2008年後才出現較大的改變。2008年5月，馬英九當選台灣地區新領導人以後，為保持台灣經濟持續穩定發展，避免在東亞區域經濟一體化進程中被邊緣化，主張推動兩岸經濟合作協議的協商，有關兩岸經濟合作制度性安排的協商問題才被提上議事日程。
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