駐庫大員陳毅就另訂新約事對外蒙古當局負責人員多方開導，又行文該官府，“痛陳利害”，說明“中央但期領土主權日形鞏固，得以保障外蒙自治，並無別意”。外蒙古當局起初拒絕討論此事。北京政府外交部要求陳毅繼續“剴切陳言，相機進行”。陳毅進一步做了解釋說服工作。1919年2月中旬，車林多爾濟會晤陳毅，請陳毅將中央政府方面的條款“大概提出，以便商酌”。陳毅提出了9條，內容除前述國務院提出的駐兵、鐵路等四個問題外，還有中央政府代償俄債、外蒙古人士有權在中央政府任職、給予哲布尊丹巴優厚歲俸等。（37）
此時正是外蒙古當局主要領導人發生更迭之際，其“總理”那木囊蘇倫大病幾月後於4月20日亡故，“內務長”巴特瑪多爾濟繼任。謝苗諾夫煽動建立“大蒙古國”的活動愈演愈烈，另訂新約事遂暫時停頓。一停頓就是半年。這半年內，中央政府與外蒙古當局另訂條款一事未取得成果，但外蒙古內外形勢的發展，即謝苗諾夫“泛蒙古運動”對外蒙古造成的威脅和外蒙古統治集團內部王公派與喇嘛派矛盾的激化，使王公派下決心取消“自治”，恢復清代舊制，“完全統一於中央”。從根本上解決《中俄蒙協約》問題、恢復中國對外蒙古的主權，提上了北京政府的議事日程。
外蒙古實行“獨立”繼而改為“自治”以後，哲布尊丹巴活佛成為政治首領，上層喇嘛中不少人成為政府官吏，他們掌握重權，大肆擴張喇嘛教的勢力，侵奪王公屬民，截留財政收入用於宗教方面奢侈浪費的活動，以及擅自改變清代形成的爵位繼承制度，大大損害了世俗王公的政治經濟利益，導致王公們對上層喇嘛十分怨恨。（38）外蒙古統治集團內部隱隱約約地分裂成王公派和喇嘛派兩個派別。
前已述及，1919年6月，謝苗諾夫遣人來逼外蒙古當局對是否贊成“大蒙古國”表態，外蒙古當局進退維谷，只好以須待王公、將軍、扎薩克大會作出決定為托詞拖延時間。該王公大會於7月底至8月初召開。王公們擔心追隨謝苗諾夫會使外蒙古落到朝鮮被日本吞並那樣的悲慘境地，決定堅決拒絕謝苗諾夫的要求。對於謝苗諾夫匪幫的軍事威脅，王公們主張與中央政府合力抵禦。王公們的政治經濟利益在“自治”期間受到損害，他們想趁此機會，改變“自治”以後喇嘛專橫的局面，恢復他們在清代時的傳統權力，為此，即使取消“自治”也在所不惜。各盟王公秘密商議以後，推舉外蒙古當局“外交長”車林多爾濟為總代表，向陳毅轉達了王公們的意見：各王公擬取消“自治”，恢復清代舊制，只是要求妥定中央政府與外蒙古地方政府的各自權限，保障他們應得的利益。
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