8月初，陸征祥提出了由中國政府授予外蒙古自治特權的折中解決辦法，當即遭到俄國拒絕，俄國代理外交大臣尼拉托夫堅持：“惟有俄中兩國締結適當協議，才能使蒙古問題徹底解決。”北京政府改用強硬辦法，任命久住北京擁護中國統一的外蒙古三音諾顔部親王那彥圖為烏里雅蘇台將軍，擬派1營騎兵、3營步兵護送，前往外蒙古與庫倫當局談判。俄國政府聞訊，立即通過駐華公使向北京政府提出嚴重警告，庫朋斯齊說：“中國軍隊進入外蒙，我國必將進行干涉。”俄國政府決定派一支哥薩克騎兵增援烏里雅蘇台俄軍，並準備從庫倫和俄國境內派遣更多兵力前去增援。由於俄國政府的武力阻撓，那彥圖未能成行。
俄國政府看到北京政府不肯就範，不願按照俄國意願解決外蒙古問題，決定先與庫倫當局簽訂協約，以此來壓迫北京政府屈服。1912年8月15日，俄國內閣會議專門研究了與庫倫當局簽訂協約問題，決定在擬簽訂的協約中“鄭重確認喀爾喀自治，並將喀爾喀置於我國保護之下”；準備向庫倫當局提供借款以建立蒙古軍隊，必要時擬“以武力來捍衛我們許給喀爾喀之優先權”。1912年10月初至11月初，俄國前駐華公使廓索維慈在庫倫與外蒙古當局的代表進行了將近1月時間的談判。
11月3日，雙方簽訂了《俄蒙協約》及其附約《俄蒙商務專條》。《俄蒙協約》規定：俄國幫助外蒙古當局維護“自治”秩序、編練軍隊；不准中國軍隊進入外蒙古、不許中國向外蒙古移民；未經俄國政府允許，外蒙古不得簽訂與《俄蒙協約》及其附約不符的條約。俄蒙《商務專條》規定俄國人在外蒙古享有大量特權。通過《俄蒙協約》，外蒙古地區被沙皇政府承認為一個名義上屬於中國、實際上獨立於中國的政治實體，該約將俄國政府與庫倫當局的關係從書面上固定下來，它增強了庫倫當局的地位。
在締結《俄蒙協約》的談判過程中，庫倫當局曾要求在協約中載明蒙古是“獨立國”，要求將協約及專條的適用範圍擴大到內蒙古、烏梁海等地區，又要求沙皇政府允許其向彼得堡派駐使節，企圖在俄國支持下實現“大蒙古國”的迷夢。沙皇政府沒有同意這些要求。這有多方面的原因：首先，沙皇政府顧慮日本和西方列強的反對。其次，當時俄國正與德、奧等國在中近東地區激烈鬥爭，俄國不願在外蒙古問題上投入大的力量，不願因此削弱它在中近東地區的競爭力。
再次，內蒙古毗連東北、華北地區，靠近北京，俄國支持庫倫當局占領內蒙古，對中國主權和領土完整損害過大，中國絕對不能容忍，中俄兩國之間的鬥爭將長期進行下去，這對戰略重點在歐洲的俄國不利。最後，沙皇俄國並不願意在其東部邊疆旁邊出現一個比較強大的“大蒙古國”。俄國反對庫倫政權將控制範圍擴大到烏梁海是因為此時俄國已打算時機到來時將該地區直接並入俄國。外蒙古“自治”的把戲無脫離中國之名而有轉歸俄國控制之實，阻力小，成功把握大，沙皇政府認為這是解決外蒙古問題的上策，此後幾年間一直堅持此方針。
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