在廓索維慈與庫倫當局談判之前和談判期間，北京政府一直在通過那彥圖等人對庫倫當局進行爭取工作。在《俄蒙協約》即將簽字的時刻，北京政府作了最後的努力。袁世凱、那彥圖等人從北京致電哲布尊丹巴及庫倫諸王公，對他們同俄國締約提出警告，要求放棄“獨立”，並允諾給予種種優惠和大筆金錢作為報償。只是這些努力未能奏效。
《俄蒙協約》簽訂後，北京政府一再向俄國聲明該約無效，無論俄國與外蒙古當局簽訂何種條約，“中國政府概不承認”。北京政府試圖利用日、俄在內蒙古的爭奪和矛盾牽制俄國，曾徵詢日本政府對《俄蒙協約》的意見，但日本避免介入此事。在萬般無奈的情況下，為了避免外蒙古在俄國支持下於“獨立”道路上愈行愈遠，北京政府被迫接受俄國的“調停”，中、俄兩國開始了關於外蒙古問題的談判。從1912年11月23日到1913年5月28日，北京政府外交總長陸征祥與俄國駐華公使庫朋斯齊在半年多時間里進行了30餘次談判。俄國起初提出的中俄條約草案要求中方全部接受在外蒙古不設官、不駐兵、不移民三項條件，根本不提中國對外蒙古地區的主權。
北京政府堅持要求俄國承認中國對外蒙古的主權，要求在條約中明確規定外蒙古為中國不可分割的一部分，庫倫當局取消“獨立”，外蒙古對外事務由中國中央政府處理。經過反覆爭論，雙方於1913年5月28日議定了中俄協約草案六條，主要內容是：中國政府承諾在外蒙古不設官、不駐兵、不移民；俄國承認外蒙古為中國領土的一部分並尊重中國歷史上在外蒙古享有的各項權利，庫倫當局是中國的地方政府；俄蒙締結關於改動該處制度的條約，須經中國政府同意；中國政府認可俄蒙《商務專條》賦予俄人的各項特權。
按照《中華民國臨時約法》的規定，政府與外國締結條約需要經過國會同意。1913年7月11日，中國參議院否決了前述中俄條約草案。俄國政府趁機推翻前議，另外提出更為苛刻的條款，脅迫北京政府應允。陸征祥引咎辭職，孫寶琦接任外交總長。經過10多次談判，11月5日，孫寶琦與庫朋斯齊在北京簽署了關於外蒙古問題的中俄《聲明文件》及《聲明另件》。與5月陸征祥和庫朋斯齊議定的“六條”相比，《聲明文件》和《聲明另件》使中國在外蒙古的主權遭到更大的損害。
中國仍舊要承諾在外蒙古不設官、不駐兵、不移民，俄國只在《聲明另件》中承認外蒙古是中國領土的一部分，在《聲明文件》中俄國僅承認中國在外蒙古有宗主權，關於外蒙古當局是中國的地方政府等文字統統消失了。中俄《聲明文件》和《聲明另件》是一個不平等條約。通過此約，沙皇俄國強迫北京政府承認了俄國對純屬中國內政的外蒙古問題的干涉權利，沙皇俄國實際上得到了對外蒙古的保護權，北京政府被迫接受了俄國對外蒙古地位的安排。
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