陳毅立即將此情況轉報北京，催促迅速決策。1919年8月21日，國務會議討論了此事，並於當日致電陳毅，指示他轉告車林：“須先由外蒙王公用全體名義呈請政府恢復原制，然後政府根據此項請求，再與妥商條件，庶對外較易措詞，不致更疑政府之利用時機，強事干涉。陳毅認為：取消“自治”條件關係到外蒙古之永久安危，“必先用非正式將條件預行商定，蒙始安心”。外蒙古各王公也主張先將條件商妥，再遞交請求取消“自治”的呈文。陳毅遂與外蒙古各王公先商議取消“自治”的條件。外蒙古各王公經過密商，提出條件50餘條。陳毅對這些條件進行了審核，然後根據各王公的建議，行文外蒙古當局，以繼續辦理春間奉國務院命令辦理的簽訂條款一事為由，非正式地提出這些條件，催外蒙古當局答覆。“理由謂春間雖未提及取消自治，近因謝布勾煽，故不得不進一步將自治取消，以絕禍根。”外蒙古統治集團內部的喇嘛派本不願意取消“自治”，此時迫於形勢，才勉強表示同意。喇嘛方面於是對條件進行了修改，“並添加十餘條，大體均優待活佛喇嘛事項”。
這樣，條件草案增至63條。外蒙古當局於9月下旬將條件草案交給陳毅。10月1日，陳毅派駐庫大員公署秘書黃成垿賫送條件草案入京。陳毅在致代外長陳籙的信函中說：“此項草案，蒙人所以鰓鰓過慮預求商定者，實出於愛國之忱，為蒙人世世子孫永為中華國民之計。毅耿耿愚忠，惟知愛國，亦惟求蒙人依漢如天，永不再傷感情，隱種獨立之根。前事不忘，後事之師”，請中央“迅予核定電知”。
陳毅與外蒙古當局擬定的文件名為《外蒙取消自治後中央待遇外蒙及善後條例》。這個條例草案規定：外蒙古呈請取消“自治”後，外交事務由中央政府管理，國防事務由中央政府軍負責（雖然對軍隊數量有所限制），中央政府擁有任免重要官吏、制定法律的權力，擁有在外蒙古修築鐵道、辦理郵電事業、開採礦產等權利，外蒙古王公、喇嘛對中華民國國家元首照例奉行年班、覲見等禮節。條例草案確認：中央政府在任何情況下都不能改變外蒙古原有的盟旗制度，各盟旗原有的管轄治理權永遠照舊；外蒙古王公的爵位一律由中央政府照舊封給，各扎薩克和非扎薩克王公均由中央政府照例給予歲俸；設立外蒙古地方議會，外蒙古貴族和平民有參與全國政治事務的權利；外蒙古各盟旗的土地所有權不變，中央政府不向外蒙古移民。
這個條例草案對外蒙古喇嘛教勢力的利益給予了充分照顧，條例草案確認：哲布尊丹巴由中華民國總統世世封為國師、北方黃教教主。該條例草案允許俄國人繼續在外蒙古從事開礦、經商等活動，只是要廢除當年俄國沙皇政府強迫中國政府簽訂的《中俄蒙協約》。這個條例草案內容詳盡，規定了外蒙古呈請取消“自治”後保證中央政府在該地有效行使主權的各項安排，同時保證外蒙古王公享有他們在清代時就享有的高度自治權利，照顧了蒙古民族的利益。如果這個條例草案得以實行，中國中央政府和外蒙古地方當局的政治要求都可得到基本的滿足。
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