在文明史的意義上，“西域-中原”的東-西格局可以分為兩個重要階段：大體以公元751年為界。751年之前的一千年是華夏文明的進取期，中間數百年的分裂期亦是民族大融合的時期，不知多少族群同化於華夏文明之中，這一時期以漢唐盛世為其兩端。751年後，華夏力量回撤至葱嶺以東，而伊斯蘭文明越過葱嶺，逐漸覆蓋了西域的大部分。
751年的象徵意義大於實質意義，文明史的意義高於政治史的意義。在751年前的一千年中，華夏文明在西域幾乎沒有碰到過堪與匹敵的文明-政治力量，西域人了解中原王朝的強盛和繁榮，莫不仰慕華夏文明。在被伊斯蘭征服的過程中，西域人渴求中原王朝的救援。阿拉伯人征服波斯時，波斯王曾多次向唐乞援。705-720年間，阿拉伯人開始蹂躪整個中亞地區，西域諸國紛紛向唐廷求救。在一封給唐玄宗的表文中說：“從此年來，被大食賊每年侵擾，國土不寧。伏乞天恩慈澤，救臣苦難。”此類表文，言辭懇切，然此時的唐朝軍力雖未衰退，卻面臨前所未有的挑戰，吐蕃、西突厥和大食同時強大，尤其是吐蕃的軍事威脅近在眼前，唐軍無法給予中亞屬國以切實援助。
“回教之傳入中國，始於唐而盛於元”。伊斯蘭教傳入新疆，是在10世紀末及11世紀初喀喇汗（即黑汗）王朝時期，後逐漸向東擴展。唐代長安已多見西域穆斯林商人往來、定居。《甘寧青史略》記載：“終唐之世，甘、涼、靈州有回族”。元朝是伊斯蘭化在西域發展的重要時期。蒙古征服西域諸國後，眾多穆斯林歸附蒙古。隨著蒙古軍隊的西征，中亞陸路暢通無阻，被征服的中亞操伊朗語族語言和操突厥語族語言的各族人民中，有不少人被派到中原各地開荒、屯田，也有不少穆斯林軍士和工匠東來，充當炮手或工程技術人員和天文學專家，也有少數人到中原任政府高官。這些信仰伊斯蘭教的中亞各族人（當時都被稱作“回回”）在中國定居下來，分布於全國各處，他們中許多人娶漢女為妻，或同其他民族通婚，生息繁衍，人口日漸繁盛。《明史.西域傳》說：“元時回回滿天下。及時居甘肅者多。”
蒙古入主中原後，為統禦漢人和南人，借助於文明水平較高的色目人（主要為穆斯林）的幫助，色目人的地位僅次於蒙古人而在漢人、南人之上。伊斯蘭文化高於蒙古，故蒙古人同化於伊斯蘭者日多。至明代，在中國形成了一個新的民族回族。明朝回族與其他各族穆斯林更嚴格地區別開來，居住地域穩定下來，經濟上有了發展，通用漢語言文字，吸收了漢族文化，充實了自身的文化，生活習俗已經定型。明代雖以種族之別立國，強調華夏與夷狄之分，但其建國有賴於回民者甚多，開國大將即有很多回民，故在有明一代，伊斯蘭教頗受禮敬。
延至清朝，滿族在政治上借重於蒙、藏佛教勢力，又自命為中國道統的繼承者，在此情況下，作為回、維族的宗教信仰，伊斯蘭教的地位無法與儒、佛、道相比，就是在比較寬鬆的清代前期，也是被作為“率皆鄙薄之徒”信仰“的原一無所取”的“其先代留遺”的“家風土俗”。不過，清政府自始至終都沒有禁止過伊斯蘭教，尤其是清前期諸帝還是比較尊重伊斯蘭教的。到了乾隆中期以後，就發生了由寬容利用到殘酷鎮壓的轉變，但這個轉變的內容和原因是複雜的，其中一個重要的因素就是伊斯蘭教內部發生的新、老教派之爭，回、漢矛盾的長期累積和爆發，這些又都被封建統治者所利用。
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